بانک‌مرکزی در راستای رفع برخی ابهامات و شفافیت بیشتر شیوه فعالیت پرداخت‌یارها، توضیحاتی را در این باره ارائه کرده ‌است.

با گذشت بیش از یک ماه از انتشار سومین ویرایش از مستند پرداخت‌یاری و امضای نخستین سری از تفاهم‌نامه‌ها میان شرکت‌های واجد شرایط، همانگونه که دور از انتظار نیست و ویژگی‌های گریزناپذیر اجرای مقررات و قوانین جدید است، ابهاماتی درباره دایره شمول، نحوه محاسبه کارمزد و…. میان فعالان حوزه پرداخت الکترونیک کشور بوجود آمد که بانک‌مرکزی جمهوری‌اسلامی طی نامه‌ای توضیحاتی را برای رفع این موارد، ارائه کرده‌است. بر اساس این نامه موارد ذیل برای شفافیت بیشتر شرایط فعالیت پرداخت‌یاری تشریح شده‌است:
درحال حاضر پرداخت‌یارها صرفا مجاز به ارائه خدمات به روش‌های بدون حضور کارت (CNP) هستند و هرگونه ارائه خدمت مبتنی بر روش‌های با حضور کارت (CP) مشمول ضوابط پرداخت‌یاری نخواهد شد. ارائه خدمات پرداخت با حضور کارت صرفا با رعایت مقررات و حفظ مسئولیت شرکت ارائه دهنده خدمات پرداخت و در قالب پیمان‌های برون‌سپاری میسر خواهد بود.
حداکثرِ کارمزد مجاز شرکت پرداخت‌یار از محل تسویه وجوه با پذیرندگان پشتیبانی شده 15 درصد مبلغ تراکنش‌های هر پذیرنده پشتیبانی شده است.
در مدل پرداخت‌یاری، تراکنش خرید به عنوان تراکنش اصلی شناخته می‌شود لذا در ازای تراکنش‌های پرداخت‌یار که در قالب پرداخت قبض (BP) به شبکه پرداخت ارسال شوند، کارمزدی به شرکت ارائه دهنده خدمات پرداخت، تعلق نخواهد گرفت.